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1954年7月，公司前身“中國醫(yī)藥公司常州市公司”正式成立。后更名為江蘇省常州醫(yī)藥藥材公司，即江蘇省醫(yī)藥公司常州采購供應站。
1993年11月，經江蘇省經濟體制改革委員會批準，在原江蘇省常州醫(yī)藥藥材公司的基礎上進行整體改制設立定向募集股份有限公司——常州藥業(yè)股份有限公司。
1994年2月，公司兼并國有企業(yè)常州健民制藥廠。
1997年9月，公司兼并國有企業(yè)常州制藥廠。
2000年7月，上海實業(yè)醫(yī)藥投資股份有限公司通過收購常州藥業(yè)的2310萬股法人股，持股42%。
2002年，上海實業(yè)醫(yī)藥投資股份有限公司通過配股1848萬股增資6190.8萬元，持股55.75%，成為控股股東。
2005年7月，公司在原有5個批發(fā)分公司的基礎上，組建常州藥業(yè)股份有限公司醫(yī)藥藥材分公司。
2010年3月，上海實業(yè)醫(yī)藥投資股份有限公司因重大資產重組被上海醫(yī)藥集團股份有限公司吸收合并，公司控股股東變更為上海醫(yī)藥集團股份有限公司。
2010年11月，上海醫(yī)藥集團股份有限公司下屬的控股公司——上海實業(yè)聯(lián)合集團藥業(yè)有限公司以其所持有的赤峰科元投資發(fā)展有限公司51%股權對公司增資擴股，并成為公司的新股東。
2012年，公司下屬常州制藥廠有限公司投資1.5億元，在江蘇如東經濟開發(fā)區(qū)新建原料藥生產基地—南通常佑藥業(yè)科技有限公司。
2012年，公司下屬常州制藥廠有限公司收購常州武新制藥有限公司，確保了重點制劑品種“常絳”主要原料硫酸雙肼屈嗪的正常供應。
2013年7月，公司完成內部職工股和社會法人股股權收購工作，解決了公司股權過于分散的問題，股東數由1459家減少為168家，上海醫(yī)藥集團股份有限公司直接（或間接）持有常州藥業(yè)股權比例上升至75.89%。
2015年4月20日， “常州藥業(yè)股份有限公司”正式更名為“上藥集團常州藥業(yè)股份有限公司”。
2015年7月1日，常州藥業(yè)股份有限公司醫(yī)藥藥材分公司、常州藥業(yè)股份有限公司資產管理分公司整體并入上藥集團常州藥業(yè)股份有限公司。
2016年10月1日，總投資1.8億元的常州藥業(yè)醫(yī)藥物流中心一期項目順利竣工并投入使用。
2016年12月，公司下屬赤峰艾克制藥科技股份有限公司、赤峰蒙欣藥業(yè)有限公司通過實施“退城進園”項目，整體遷入新廠，并且兩年內完成了老廠區(qū)土地變現(xiàn)工作。 2017年12月，公司下屬常州制藥廠有限公司制劑國際化取得歷史性突破，瑞舒伐他汀鈣片成功銷往美國市場。
2018年7月，公司下屬常州制藥廠有限公司卡托普利片（25mg）業(yè)內率先通過仿制藥質量和療效一致性評價。
2018年12月，總投資1.5億元的南通常佑藥業(yè)二期工程竣工投入使用，基本消除了常州制藥廠有限公司特色原料藥的產能瓶頸。
2019年3月，“常藥”商標被國家工商行政管理總局商標局認定為“中國馳名商標”。
2019年7月，常州藥業(yè)物流中心二期項目投入運營，庫區(qū)新增了立體庫和自動化分揀線，倉儲和配送能力常州領先。
2019年10月，公司競得常州市天寧區(qū)鳳凰公園西側商業(yè)地塊（約43畝），并成立上藥東建房地產有限公司，啟動上藥常藥和常藥廠（聯(lián)合）經營管理大樓的建設。
2020年9月，公司下屬常州制藥廠生產的瑞舒伐他汀鈣片獲得國家藥監(jiān)局（NMPA）批準上市，順利實現(xiàn)“國內國外雙市場、原料藥和制劑垂直一體化”的大滿貫布局。
2021年3月18日，上藥常藥商務中心項目（上藥常藥大廈）舉行開工奠基儀式。
2022年7月10日，上藥常藥商務中心項目舉行主樓封頂儀式。
2022年12月，公司下屬常州制藥廠、蒙欣藥業(yè)生產的抗疫藥品積極保供上海、常州，彰顯國企責任擔當。
2023年12月24日，上藥常藥商務中心項目（上藥常藥大廈）順利竣工投入使用。
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